Angkutan pupuk merupakan salah satu layanan angkutan barang yang dapat membantu pendistribusian pupuk untuk memenuhi kebutuhan petani. Untuk saat ini PT Pupuk Sriwijaya Palembang berkerjasama dengan PT Kereta Api Indonesia (Persero) dalam mengangkuta angkutan pupuk dari Cilacap ke beberapa daerah seperti ke Gombong, Maguwo, Ceper dan Prupuk. Dengan angkutan menggunakan Kereta Api diharapkan distribusi pupuk Nasional menjadi lebih cepat sampai dan biaya logistik dapat ditekan.